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重組蛋白表達(dá)技術(shù)可用于多種下游應(yīng)用，包括基因調(diào)控分析、蛋白結(jié)構(gòu)及功能分析、蛋白質(zhì)間相互作用分析等。對于特定的應(yīng)用，使用正確的蛋白表達(dá)系統(tǒng)是實(shí)驗(yàn)成功的因素。在選擇蛋白表達(dá)系統(tǒng)時(shí)，所需考慮的因素是功能性、可溶性、速度及得率等。 蛋白質(zhì)純化是一系列旨在從復(fù)雜混合物（通常是細(xì)胞，組織或整個(gè)生物體）中分離一種或幾種蛋白質(zhì)的過程。 蛋白質(zhì)純化對于表征目的蛋白質(zhì)的功能，結(jié)構(gòu)和相互作用至關(guān)重要。 純化過程可以分離混合物中的蛋白質(zhì)和非蛋白質(zhì)部分，最后將所需的蛋白質(zhì)與所有其他蛋白質(zhì)分離。 一種蛋白質(zhì)與所有其他蛋白質(zhì)的分離通常是蛋白質(zhì)純化最費(fèi)力的方面。 分離步驟通常利用蛋白質(zhì)大小，理化性質(zhì)，結(jié)合親和力和生物活性方面的差異。 可以將純結(jié)果稱為蛋白質(zhì)分離物。